《精灵宝可梦 太阳&月亮》围绕小智展开全新冒险。小智来到阿罗拉地区，这里的宝可梦对战文化与以往不同，有着独特的节奏和风格。他进入了宝可梦学校学习，和同学们一起探索阿罗拉的各个岛屿。在学校里，他结识了莉莉艾、卡奇、玛奥等伙伴，大家一起上课、训练宝可梦。 小智在阿罗拉收服了许多新宝可梦，比如胆小的木木枭，它在小智的鼓励下逐渐成长。旅途中，他们遭遇了邪恶组织骷髅队，骷髅队企图破坏阿罗拉的和平，小智和伙伴们一次次挫败他们的阴谋。同时，他们还参与各种宝可梦活动，小智为了成为阿罗拉冠军不断努力，经历了一场场激烈对战，在这个过程中他和宝可梦们的羁绊也愈发深厚。