《百花缭乱武士新娘》故事围绕着柳生宗朗展开，他是柳生道场的传人，本过着平凡的生活。然而，在祖父去世后，他突然被卷入了一场波澜壮阔的纷争中。原来，他被指定为“柳生十兵卫三严”的婚约者。十兵卫三严是柳生家的剑术天才少女，性格傲娇且实力强劲。 与此同时，众多来自不同流派的美少女剑士纷纷登场，她们各怀目的接近宗朗。有天真可爱的椎名由夜，还有神秘冷艳的真田幸村等。这些少女们为了争夺宗朗，或是为了实现自己流派的目标，不断引发冲突与战斗。在一次次激烈的交锋中，宗朗与少女们的关系逐渐加深，他也在这个过程中不断成长，努力保护身边的人，解开围绕在柳生家的重重谜团。