《屋顶上的绿宝石》围绕着一段跨越时空的爱情故事展开。周念中与聂凯是同父异母的兄弟，念中在母亲离世后被送往美国。多年后，念中回到台湾，结识了女孩莫家琦。家琦善良纯真，念中对她渐生情愫。然而，凯也喜欢上了家琦，兄弟俩因此产生了情感上的纠葛。与此同时，屋顶上的绿宝石有着神秘的传说，它似乎牵引着众人的命运。在一系列的误会与矛盾中，念中与家琦的感情历经波折，凯也在爱与亲情间痛苦挣扎。最终，他们能否解开误会，遵循内心的选择，绿宝石又将给他们的命运带来怎样的结局，都充满了悬念。