《星际之门：亚特兰蒂斯第一季》围绕着一个星际探索团队展开。在遥远的宇宙深处，科学家伊丽莎白·魏尔博士带领着罗德尼·麦凯博士等一众专家，通过星际之门来到了亚特兰蒂斯这座失落的古城。他们本希望在此展开和平的科学研究与探索，却很快遭遇了强大的敌人——幽灵族。幽灵族以人类的生命能量为食，对亚特兰蒂斯团队构成了巨大威胁。在队长约翰·谢帕德上校的带领下，团队成员们凭借智慧和勇气一次次化解危机。他们不仅要应对幽灵族的攻击，还要解决古城内各种复杂的科技难题和神秘现象。在这个过程中，队员们之间的关系也在不断变化，他们相互扶持、共同成长，为了生存和探索宇宙的奥秘而不懈努力。