《我心里危险的东西》围绕着高中生青井和花与同学石川优吾展开。青井和花外表甜美可爱，是众人眼中的完美女孩，但内心却住着一个“小恶魔”，有着各种危险又大胆的想法。石川优吾则是个普通且有点迟钝的男孩。一次偶然，优吾发现了和花内心的秘密，从此两人的关系变得微妙起来。和花常常在心里策划着一些“危险”的行动，比如让优吾成为自己的专属玩偶等，但表面上依旧维持着可爱少女的形象。而优吾在知晓和花的真实一面后，也在相处中逐渐对她有了更深的了解，两人在校园生活里发生了一系列搞笑又温馨的故事，展现出青春期特有的懵懂与纯真。