《绝对防卫利维坦》的故事围绕着拥有特殊能力的少女们展开。在这个世界里，存在着名为“利维坦”的神秘力量，而能够驾驭这种力量的少女们被赋予了守护世界的重任。主角如月弦太朗是个普通少年，却意外卷入了与利维坦相关的事件中。他结识了水无灯里、神无月葵等少女，她们各自有着独特的性格和能力。如月弦太朗与少女们一同面对来自邪恶势力的威胁，在战斗中不断成长。他们在一次次的危机中，逐渐揭开利维坦背后的秘密，同时也加深了彼此之间的羁绊，共同为了守护世界的和平而努力拼搏。