《马达加斯加的企鹅第二季》延续了第一季的精彩，主角依然是那四只性格各异的企鹅——老大Skipper、智囊Kowalski、疯狂科学家Rico和可爱天真的Private。在这一季中，它们继续在纽约中央公园动物园开启冒险生活。它们要应对各种突发状况，比如阻止邪恶的豚鼠Dr. Blowhole的阴谋，Dr. Blowhole一心想要统治世界，不断设计陷阱来对付企鹅们。企鹅们凭借着智慧和勇气一次次化解危机。同时，它们也会在动物园里闹出不少笑话，Private偶尔的单纯举动总会让大家哭笑不得，而Kowalski那些奇思妙想的发明有时能派上大用场，有时也会引发新的麻烦。它们还结识了新的伙伴，一起并肩作战，共同守护着动物园的和平与欢乐。