《零度战姬 SP》围绕着西杰斯学园展开，这里汇聚了一群被称为潘多拉的少女战士，她们拥有特殊能力，肩负着对抗异形怪物「诺克斯」的重任。故事聚焦于主角天城雪菜和其他潘多拉们的生活与战斗。雪菜性格坚强且善良，她努力提升自己的战斗能力，在学园中不断成长。学园里有着严格的训练和考核，潘多拉们不仅要面对诺克斯的威胁，还要处理彼此之间的关系和矛盾。在一次次战斗中，她们逐渐建立起深厚的友谊和信任。同时，学园中也隐藏着各种秘密和阴谋，雪菜和伙伴们在揭开真相的过程中，不断突破自我，为了守护人类与诺克斯展开了一场又一场惊心动魄的战斗。