《装甲骑兵 佩尔森档案 剧场版》的故事发生在遥远的未来，人类在宇宙中开拓新的生存空间。故事聚焦于主人公吉尔·佩尔森，他是一名装甲骑兵。在当时的宇宙环境下，不同势力之间纷争不断。吉尔所在的部队卷入了一场复杂的战争冲突中，他和战友们驾驶着先进的装甲骑兵与敌人展开激烈战斗。在战斗过程中，吉尔逐渐发现这场战争背后隐藏着不为人知的阴谋。随着调查的深入，他面临着友情与忠诚的考验，也遭遇了各种艰难险阻。最终，吉尔凭借着自己的勇气和智慧，不仅揭开了阴谋的真相，还为和平的到来做出了重要贡献，在残酷的宇宙战争中书写了属于自己的传奇篇章。