《侍神令》以人妖共生的平安京为背景，阴阳师晴明发现自己竟是妖胎。他在与百旎的相处中，知晓自己被封印的记忆。晴明的好友慈沐，因被妖怪蛊惑，走上与晴明对立的道路。慈沐为了所谓的正义，联合各方力量对抗晴明。而晴明则带着式神们守护平安京，他与八百比丘尼、神乐等一同面对重重危机。在战斗中，式神们各展神通，展现出强大的力量。最终，晴明在经历无数艰难险阻后，不仅解开了自己身世之谜，还成功阻止了邪恶势力的阴谋，守护住了平安京的和平与安宁。