小智、皮卡丘与艾莉丝、牙牙一同来到了充满自然之美的丰饶之地。在这里，他们遇见了拥有净化之力的比克提尼。比克提尼一直被邪恶组织等离子队追捕，等离子队妄图利用它的力量达成自己的野心。与此同时，莱希拉姆现身，它代表着理想，是强大的精灵。 等离子队首领魁奇思为了实现自己所谓的理想世界，不择手段地抢夺比克提尼。小智一行人决定保护比克提尼，与等离子队展开了一系列激烈的对抗。在战斗过程中，小智等人逐渐了解到莱希拉姆和比克提尼的使命，也明白了真正的理想并非是魁奇思所追求的那样。最终，在小智、比克提尼和莱希拉姆的共同努力下，成功挫败了等离子队的阴谋，守护了丰饶之地的和平与美好。