影片以少年小智的冒险之旅展开。小智满 10 岁，怀揣着成为宝可梦大师的梦想，离开真新镇踏上冒险。出发当天他睡过头，赶到大木博士研究所时，原本准备的三只初学者宝可梦已被选走。幸运的是，大木博士给了他一只脾气暴躁、不太听话的皮卡丘。小智和皮卡丘最初相处并不融洽，但在一次被火箭队攻击时，皮卡丘为保护小智释放强大电力，二者关系就此拉近。旅途中，小智结识了小霞等伙伴，一起经历各种挑战。他们遇到了各种各样的宝可梦，有善良可爱的，也有强大凶狠的。小智不断参加宝可梦对战，提升自己和宝可梦的实力，在一次次的战斗与冒险中，小智离成为宝可梦大师的目标越来越近。