野原新之助一家去博物馆参观，意外被神秘力量卷入战国时代。小新变成了武士新之助，春日部众人也都穿越而来且各自有了新身份。在这个时代，他们遭遇了各种危机与挑战。新之助凭借着他独特的搞怪性格和偶尔展现出的勇气，在战国乱世中闹出不少笑话。他与风间、正南、阿呆、妮妮等小伙伴一起，帮助被篡位的公主夺回王位。过程中，他们要面对邪恶势力的追杀，还要应对复杂的战国局势。小新用他的无厘头方式一次次化解危机，最终成功让公主复位，一家人也顺利回到现代。