《X战警3：背水一战》中，一种能够治愈变种人的“解药”出现，这在变种人社会和人类社会都引起了轩然大波。金刚狼罗根依旧在寻找自己过去的记忆，而镭射眼斯科特因凤凰女琴·格雷体内的黑凤凰人格失控被误杀。万磁王召集变种人，试图阻止“解药”的推广，他认为这是对变种人的一种压迫和抹杀；而X教授则希望变种人能接受“解药”，与人类和平共处。双方矛盾激化，最终在金门大桥上展开了一场惊心动魄的大战。在战斗中，琴·格雷体内的黑凤凰人格愈发强大，成为了双方共同的威胁。最终，罗根为了拯救大家，忍痛杀死了琴。这场大战让变种人和人类的关系更加紧张，但也让双方都开始重新思考彼此的未来。