《破坏不在场证明》以美谷时乃和刑警察时美幸的探案故事展开。时乃继承祖父的钟表店，除修表外，还提供“推翻不在场证明”的服务。察时美幸因一起女社长被杀案结识时乃。案件中，嫌疑人有完美不在场证明，美幸调查陷入困境，便求助时乃。时乃凭借对时间的敏锐洞察和推理能力，发现嫌疑人利用列车时刻表制造假象。她抽丝剥茧，指出嫌疑人巧妙安排行程，在看似不可能的时间完成犯罪。此后，美幸不断带着各种棘手案件找时乃，两人携手破解一个又一个精心设计的不在场证明谜题。