《沉默的舰队 第一季～东京湾大海战～》围绕着日本海上自卫队的核潜艇“相模”号展开。艇长海江田四郎对日本政府在国际事务中的软弱态度深感不满，他决心以自己的方式改变日本的命运。海江田四郎带领“相模”号核潜艇脱离了常规指挥体系，他的目标是通过强硬手段让日本在国际舞台上重新获得应有的地位。 在这个过程中，“相模”号与各方势力产生了激烈冲突。日本政府视其为叛逆，派出舰队进行围追堵截。而国际社会也对“相模”号的行动高度关注，局势变得异常紧张。最终，故事发展到了东京湾大海战这一高潮阶段，“相模”号与日本海上自卫队的舰队在东京湾展开了惊心动魄的对决，双方都使出浑身解数，这场海战的结果不仅关乎“相模”号的命运，更将对日本乃至世界的政治格局产生深远影响。