《军曹大电影5 诞生！终极Keroro奇迹的时空岛是也！！》围绕着青蛙模样的宇宙侵略者Keroro军曹等人展开。故事中，Keroro军曹和他的同伴们意外来到了一座神秘的时空岛。这座岛上有着各种奇异的生物和神秘的力量，时间和空间在这里都变得混乱不堪。在岛上，他们遇到了许多挑战，比如要躲避凶猛的怪兽攻击，还要解开岛上隐藏的谜题。同时，他们也结识了一些岛上的居民，在与他们的相处中，逐渐了解到时空岛背后隐藏着一个关乎宇宙和平的大秘密。Keroro军曹一行人决定和岛上居民一起，运用各自的能力，阻止邪恶势力利用时空岛的力量破坏宇宙，最终他们能否成功守护宇宙和平，为这场奇妙的时空岛冒险画上圆满的句号呢？