《忍者神龟3》中，时空裂缝突然开启，将忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗四人传送到了17世纪的日本。在这个陌生的时代，他们遭遇了诸多挑战。当地邪恶的Lord Norinaga妄图征服世界，忍者神龟们与他的手下展开了激烈交锋。神龟们结识了勇敢善良的公主Miyamoto，公主也在他们的影响下逐渐成长。在战斗过程中，神龟们充分发挥各自的特长，莱昂纳多凭借精湛的剑术冲锋在前，拉斐尔以暴躁的性格和强大的攻击力震慑敌人，米开朗基罗用灵活的身手扰乱敌方阵型，多纳泰罗则用智慧制造出各种有用的工具。最终，忍者神龟联合公主及其手下，成功击败了Lord Norinaga，拯救了那个时代的日本，之后也找到了回到现代的方法。