《星河战队2：联邦英雄》的故事紧接前作，地球联邦与虫族的战争仍在持续。在一个偏远的星球上，一群联邦士兵被派去执行一项秘密任务。他们乘坐飞船抵达后，却遭遇了虫族的猛烈攻击。士兵们在队长的带领下，开始与虫族展开激烈战斗。战斗中，他们发现虫族似乎有了新的进化，变得更加聪明和强大。随着深入探索，他们得知虫族正在策划一个巨大的阴谋，企图对地球发动全面进攻。士兵们克服重重困难，在恶劣的环境和强大的敌人面前，凭借顽强的意志和团队协作，不断寻找应对之策，最终成功挫败了虫族的阴谋，保卫了地球联邦的安全。