《念念手纪》围绕着少年恭平与患有罕见病的少女理子展开。恭平与理子在学校相遇，两人逐渐相恋。然而，理子被查出患有会让记忆逐渐消失的病，她的记忆开始一点点流逝。为了留住他们之间的回忆，理子开始写日记，将每天发生的事、对恭平的爱都记录其中。即便记忆不断缺失，理子仍努力去爱恭平。恭平则一直陪伴在理子身边，见证着她病情的恶化。最终，理子的记忆几乎完全丧失，但那些写满爱意的日记，成为了他们爱情永恒的见证，也让恭平在理子离开后，依然能感受到曾经的温暖与深情。