在京都发生了一连串以佛像为目标的盗窃案，案件中出现了一个头戴面具的骑车人。服部平次邀请柯南等人前往京都调查此案，期间结识了五名剑道高手，然而他们却接连遭到杀害。与此同时，平次回忆起幼年时曾与一个拍球的少女相遇，少女还给他一颗水晶，这成为他心中美好的回忆。 随着调查深入，柯南和服部发现案件与八年前的佛像盗窃案有关，线索指向了京都古老的歌谣和神秘的义经记。在寻找真相的过程中，柯南变回工藤新一，与服部一同解开了迷宫般的谜题。最终，他们在京都的五条大桥上与凶手展开对决，不仅阻止了凶手的阴谋，平次也找到了那位童年的少女，原来她就是远山和叶。