铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这次的舞台是飞行于天空的豪华飞船铃木号，他企图通过保护船上价值连城的宝石“天空的贵妇人”引出基德。柯南、小兰等人也一同登上了飞船。飞行途中，神秘恐怖组织红色暹罗猫来袭，他们在船上安装炸弹，劫持飞船，还绑架了小兰以索要赎金。怪盗基德为了偷取宝石也登上了飞船，柯南不得不与这个亦敌亦友的对手合作，共同对抗恐怖组织。在激烈交锋中，柯南凭借智慧一次次化解危机，基德也展现出高超的盗窃技巧和过人胆识。最终，他们能否成功解除炸弹、拯救飞船，让小兰平安归来，成为了这场冒险的最大悬念。