《毁灭战士：灭绝》将故事设定在遥远的未来，火星卫星上的科学实验室发生离奇事件，一群海军陆战队队员被派去调查。队员们抵达后，发现这里的情况远超想象，异形生物肆虐，实验室里弥漫着死亡的气息。主角小队在探索过程中，不断遭遇各种恐怖的怪物，这些怪物外形狰狞、攻击力极强，给队员们带来了巨大的生存挑战。随着调查深入，他们逐渐揭开了一个关于基因实验失控的可怕真相。在与异形的激烈战斗中，队员们有人牺牲，有人受伤，但他们始终没有放弃。最终，主角凭借着顽强的意志和出色的战斗能力，找到了消灭异形的方法，拯救了实验室，也避免了异形扩散到更广阔的宇宙空间。