《巴西来的男孩》围绕着神秘的纳粹余孽利奥波德·门格勒博士展开。私家侦探利奥·卡茨受委托调查一系列男孩的情况，这些男孩都有着相似的特征，且生活在不同地方。随着调查深入，他发现这些男孩竟是门格勒利用希特勒的细胞克隆出来的。门格勒妄图通过培养这些克隆男孩，让纳粹思想再度崛起。卡茨在调查过程中遭遇重重危险，不仅要躲避门格勒的爪牙，还要解开一个个谜团。最终，他与正义力量联合起来，阻止了门格勒的疯狂计划，避免了一场可能的灾难，守护了世界的和平与安宁。