《特工小萌妻》中，女主角本是身手不凡的特工，在一次危险任务里，为了保护重要情报，她不得不隐姓埋名，伪装成普通女孩进入校园。在校园生活中，她结识了帅气且聪明的男主角。男主角察觉到女主角身上的不寻常，开始暗中调查她。然而，在相处过程中，两人渐生情愫。与此同时，反派势力一直在寻找女主角的下落，企图夺回情报。女主角一边要应对校园生活中的各种琐事和情感问题，一边还要躲避反派的追杀。她凭借自己的特工技能一次次化险为夷，和男主角携手对抗反派，最终成功守护住情报，两人的感情也在经历重重考验后更加坚定。