《蜂蜜幸运草》围绕竹本、森田、真山三位美术大学研究生以及他们身边的女孩们展开。竹本性格内向，对爱情懵懂又渴望，他暗恋着花本老师，却因自卑而不敢表白。森田是个行为古怪、才华横溢的学生，常常做出令人意想不到的举动，但内心善良且对艺术有着独特的见解。真山深爱着理花，然而理花已有男友，这段感情让他痛苦不已。与此同时，可爱单纯的小育喜欢着竹本，她的出现给竹本的生活带来了温暖和改变。几人在校园生活中经历着友情的考验、爱情的挫折，也在不断成长，他们在蜂蜜般甜美的时光里，寻找着属于自己的幸运草，共同谱写了一段充满青春气息与感动的故事。