《攻壳机动队真人版》设定在 2029 年，人类已能将身体大部分替换为机械义体。草薙素子是少佐，她拥有几乎完美的机械躯体，却时常被自己的过去困扰。她所在的公安九课负责打击犯罪、处理各种棘手案件。一次，他们追踪黑客“傀儡师”，这是一个能操纵人类意识的神秘存在。在调查过程中，素子发现自己的身世与“傀儡师”有着千丝万缕的联系。随着真相逐渐浮出水面，她开始怀疑自己存在的意义。最终，素子与“傀儡师”展开了一场关乎自我认知与人类未来的对决，在这个过程中，她也完成了对自我的探寻与升华。