《裴教授你不对劲》围绕着性格活泼开朗的少女林悦和高冷神秘的裴教授展开。林悦是学校里古灵精怪的学生，一次偶然的机会，她与裴教授在图书馆相遇，裴教授帮她解决了学术难题，林悦从此对裴教授心生崇拜。然而，林悦渐渐发现裴教授行为举止有些奇怪，比如他总是在特定时间出现在校园的角落，眼神中仿佛藏着秘密。随着接触增多，林悦意外得知裴教授其实背负着一个家族使命，他一直在寻找一件神秘的物品来拯救家族。林悦决定帮助裴教授，两人在寻找物品的过程中，感情逐渐升温，也揭开了一个又一个惊人的秘密。