《无间道3：终极无间》承接前作，刘建明在陈永仁死后，因内心愧疚和警方内部调查陷入精神困境。他试图通过催眠来消除脑海中陈永仁的影子，却在过程中不断回忆起过往。杨锦荣奉上级命令监视刘建明，同时追查韩琛犯罪集团余党。沈澄则周旋于黑白两道之间，有着自己的盘算。另一方面，陈永仁生前的卧底资料被一点点揭开，他的真实身份逐渐浮出水面。在各方势力的交织与博弈中，刘建明最终走向崩溃，而真相也在重重迷雾中逐渐清晰，影片展现了一场惊心动魄的正邪较量和复杂人性的深度挖掘。