《最佳拍档3：女皇密令》延续了前作的喜剧风格，故事围绕着“黑珍珠”展开。光头神探（许冠杰 饰）和金刚（麦嘉 饰）这对最佳拍档再度出击。英国女皇皇冠上的黑珍珠被盗，二人临危受命找回黑珍珠。他们在调查过程中遭遇了各种奇葩对手和惊险状况。光头神探风流倜傥，在执行任务时不忘与美女周旋；金刚则憨态可掬，却有着一身好功夫。他们不仅要面对狡猾的国际大盗白手套（利智 饰），还要应对各种机关陷阱。在一系列啼笑皆非的事件后，拍档二人凭借智慧和勇气，最终成功找回黑珍珠，挫败了盗贼的阴谋。