《机长大人暗恋中》围绕着女主苏颜和机长顾淮展开。苏颜是个元气满满的女孩，一次偶然的机会与高冷机长顾淮相遇。顾淮其实早已在心中默默暗恋着苏颜，只是一直未曾表白。在相处过程中，两人一同经历了许多事情。苏颜在工作上遇到难题，顾淮总会在背后默默帮忙解决。而苏颜也逐渐对顾淮产生了别样的情愫。然而，他们的感情之路并非一帆风顺，顾淮的前女友突然出现，试图破坏他们的关系。但苏颜和顾淮相互信任，共同面对困难，最终两人跨越重重阻碍，走到了一起，开启了甜蜜的恋爱之旅。