《神医踏红尘》围绕着身怀绝世医术的主角展开。主角本是隐世医门的传人，拥有着出神入化的医术，能凭借一根银针起死回生，凭借几味草药治愈疑难杂症。他为了寻找失传的医典和突破医术瓶颈，踏入繁华红尘。在这过程中，他遭遇了各种复杂的人际关系和棘手的事件。 他先是救助了被权贵欺压的穷苦百姓，因此得罪了当地的恶霸势力。恶霸勾结官府对他进行陷害，将他投入大牢。然而，在狱中他又凭借医术治好了狱卒亲人的重病，赢得了狱卒的敬重和帮助，成功越狱。之后，他结识了一群志同道合的朋友，他们一起惩奸除恶，利用主角的医术揭露了江湖上一些打着神医旗号招摇撞骗的骗子。同时，主角也在不断寻找医典的线索，在一次次的冒险和挑战中，他的医术和心智都得到了进一步的提升。