《船来船往》聚焦于厦门港海上客运码头，以码头调度员乔海山一家的生活为主要线索展开故事。乔海山为人正直善良，坚守着自己的原则和底线。他的女儿乔莉美丽聪慧，在感情和事业上有着自己的追求。 码头上来往的船只承载着不同人的梦想与故事，有旅客们的悲欢离合，也有码头工作人员为保障航运安全和秩序的辛勤付出。剧中既有乔海山在工作中面临的各种调度难题和人际关系的处理，也有乔莉在爱情道路上的曲折经历。同时，围绕码头还发生了一系列或温馨、或紧张的事件，展现了码头这个特殊环境下的人间百态和复杂情感。