《纯白交响曲》围绕着主人公瓜生新吾展开。新吾所在的学校即将和女校结城女学园合并，这意味着原本全是男生的校园将迎来女生。新吾被选为学生代表，参与到合并的准备工作中，由此结识了结城女学园的学生濑名爱理。爱理性格傲娇，起初和新吾相处并不融洽，但在一系列的接触中，两人的关系逐渐发生变化。 除了爱理，新吾还认识了其他性格各异的女孩，如温柔善良的天羽美羽、活泼开朗的樱小路露娜等。在校园生活里，他们一起经历各种趣事，也面临着友情与爱情的抉择。新吾在与女孩们的相处中，内心的情感不断涌动，故事在青春的懵懂与纯真中缓缓推进，展现出一段段美好的校园恋爱故事。