《地球百子第三季》延续前作剧情，克拉克等人在地球面临着更为严峻的挑战。此时方舟上的人也来到地球，他们与地面人之间的矛盾一触即发。林肯为了和平，与地面人首领莱萨合作，试图阻止战争。而克拉克则在努力寻找拯救大家的方法，她发现了神秘的火焰之泉，里面藏着能拯救人类的秘密。然而，这个秘密被邪恶的艾比等人知晓，他们妄图利用火焰之泉控制一切。在权力与和平的抉择面前，克拉克等人陷入艰难困境。最终，克拉克联合各方力量，与艾比等人展开激烈对抗，在一次次的危机中，他们不断成长，为了地球的和平与生存而战斗。