《恶魔之谜》围绕私立百合丘女子学园展开，这所学校外表是名门女校，实则暗藏玄机。学校里有一个名为“暗杀教室”的特殊存在，12 名学生杀手在此接受任务，目标是刺杀同学东兔角。东兔角是个神秘的转校生，她来到这所学校似乎有着不为人知的目的。 在这个充满阴谋与杀戮的环境中，学生们各怀心思。神长香子作为杀手之一，在执行任务的过程中，与东兔角产生了复杂的情感纠葛。随着剧情推进，一个个暗杀计划接踵而至，东兔角一次次化险为夷。同时，学校背后的秘密也逐渐浮出水面，原来这一切都与一个庞大的组织有关。各方势力在这所学校里展开了激烈的较量，精彩的暗杀与反暗杀情节不断上演。