《高校舰队》故事设定在一个海洋国家，为了培养海军人才，政府设立了海军学校。女主角千早群像原本是个普通女孩，因儿时与姐姐的约定，进入了江田岛海军兵学校。在学校里，她和一群性格各异的女孩们成为了同学，她们要驾驶训练舰“青鹭号”进行远洋航海实习。 训练过程困难重重，不仅要应对恶劣的天气，还要进行各种军事训练和课程学习。千早群像在这个过程中不断成长，从一开始的不适应逐渐变得坚强自信。在航海途中，她们还遭遇了神秘舰队的袭击，女孩们凭借着所学的知识和顽强的意志，一次次化险为夷。通过这次航海实习，女孩们不仅提升了自己的能力，还收获了珍贵的友谊。