《攻壳机动队第二季》延续前作世界观，故事聚焦于公安九课。草薙素子离开后，巴特成为九课实际领导者。此时，社会面临新危机，“个别的十一人”组织崛起，他们以极端方式挑战现有秩序，宣扬独特理念。九课负责调查这一系列恐怖活动，在追查过程中，他们发现“个别的十一人”背后似乎有更深层势力操纵。成员们凭借先进科技装备和卓越侦查能力，逐步揭开谜团。在与敌人交锋中，九课内部也产生对人性、义体化等问题的思考。他们在维护社会稳定同时，不断探寻自我与存在意义。