《机动战士高达 第08MS小队》将视角聚焦于战争中普通士兵的命运。地球联邦军的西罗·亚玛达被派往东南亚加布罗地区，加入第08MS小队执行任务。在一次侦察行动中，西罗遭遇了吉恩军的女机师艾娜·萨哈林，两人在战斗中均展现出高超的驾驶技巧。此后，西罗与艾娜多次交手，在不断的战斗接触中，两人竟产生了微妙的情感。然而，他们分属敌对阵营，这种情感注定充满了矛盾与痛苦。随着战事推进，第08MS小队面临着越来越艰巨的任务，小队成员们在战火中经历着生死考验，他们的友情、信念也在战争的洗礼下愈发珍贵。同时，西罗和艾娜的感情也在战争的漩涡中挣扎，最终他们不得不面对残酷的结局，而这场战争对人性的冲击和对和平的渴望也在故事中得到深刻体现。