《极上生徒会》围绕私立碧阳学园学生会展开。会长鹰栖绚子是个性格强势、有着强烈责任感的女孩，一心想要把学生会打造成学校的核心力量。副会长九条可怜外表可爱，实则有着腹黑的一面，常常用一些小手段来达成自己的目的。书记红叶知弦是个超级动漫宅，满脑子都是二次元的幻想，在学生会里闹出不少笑话。会计椎名深夏性格迷糊，却有着超强的记忆力。 在学校生活中，他们要应对各种奇葩的学生问题、处理校园活动的筹备，还要和其他社团斗智斗勇。比如在学园祭筹备期间，各社团竞争激烈，学生会既要协调各方利益，又要保证活动顺利进行，过程中发生了一系列令人捧腹大笑又温馨感人的故事，展现了青春的活力与美好。