《军人机密》围绕着四个家庭展开，故事从解放初期讲起。贺子达和姜佑生是战场上出生入死的战友，两人在战争结束后各自面临着不同的生活境遇。贺子达性格直爽，行事果断，姜佑生则相对内敛。贺子达的妻子杨怡在战争中与丈夫失散，带着孩子艰难生活，后来与姜佑生有了一段复杂的情感纠葛。姜佑生的妻子楚风屏善良温柔，却因家庭和时代的原因陷入痛苦。随着时间推移，孩子们逐渐长大，他们身上也背负着上一辈的秘密和情感。这些秘密在时代的变迁中逐渐浮出水面，引发了一系列的矛盾和冲突，展现了军人家庭在历史洪流中的命运起伏和情感挣扎。