《萌菌物语》围绕着主人公泽木哲平展开。哲平考入了农业大学的应用微生物学系，原本对微生物没什么特别感觉的他，在入学后却能看到微生物们可爱的拟人形象。在校园里，他结识了许多志同道合的同学，大家一起在课堂上学习微生物知识，在实验室进行各种有趣的实验。比如在研究乳酸菌时，他们看到乳酸菌们以萌态活跃，帮助制作美味的酸奶。哲平还会和朋友们一起应对各种与微生物相关的难题，在这个过程中，他对微生物的了解逐渐加深，也越发热爱这个专业。同时，他也在不断成长，从一个有些懵懂的学生，逐渐成为能够独当一面的微生物研究者，在充满趣味与挑战的微生物世界里开启了一段奇妙之旅。