《萌菌物语 Returns》延续了前作的风格，以大学生泽木惣一为主角展开故事。惣一拥有能看见微生物的特殊能力，在微生物学的学习过程中，他不断探索微观世界的奇妙。在学校里，他结识了一群志同道合的同学，大家一起参与各种与微生物相关的课程和研究项目。他们会在实验室里观察不同菌类的生长，探讨微生物对生活的影响。期间，也会遇到各种难题和挑战，比如在培养特定菌类时遭遇失败，但他们从不气馁，一次次尝试。同时，惣一还会将微生物的知识运用到生活中，让身边的人也逐渐了解到这些微小生物的重要性和趣味性，带领观众一同领略微生物世界的魅力。