《末代御医》以清末为背景，聚焦御医这一群体。杜仲（郭晋安 饰）本是一介草泽医，凭借精湛医术进入太医院。他性格正直善良，在太医院复杂的环境中坚守本心。杜仲与光绪皇帝（敖嘉年 饰）结识后，一心想为其医治痼疾。太医院内，杜仲面临着来自同行的排挤与刁难，如岳宗麟（杨明 饰）嫉妒他的才能，常与其针锋相对。同时，宫廷斗争波谲云诡，杜仲被卷入其中。皇后（周丽淇 饰）为巩固势力，也在太医院安插人手。杜仲在为皇帝治病、应对宫廷纷争的过程中，历经重重困难，却始终未忘医者仁心，在末代宫廷的风云变幻中，书写着自己独特的传奇故事。