《魔具少女》的故事围绕着少年姬神秋人展开。秋人拥有特殊体质，能让魔具少女的力量失控。他在学园都市中邂逅了美少女魔具少女莉丝，莉丝是由人类灵魂与魔具融合而成的存在，拥有强大战斗能力。此后，秋人又结识了其他魔具少女，如傲娇的希丝缇娜等。他们一边要应对学园生活，一边要面对各种敌人。学园里存在着邪恶组织，妄图利用魔具少女达成不可告人的目的。秋人与魔具少女们并肩作战，在一次次战斗中，彼此的羁绊不断加深，他们也逐渐揭开了魔具少女背后隐藏的秘密，在这个充满奇幻与冒险的世界里，为守护正义和彼此而不断成长。