《魔卡少女樱 透明牌篇》承接前作，故事围绕木之本樱展开。升入初中的樱在某一天发现库洛牌全部变成了透明牌，这一变化让小樱陷入新的挑战。她与好友大道寺知世、李小狼等人一起探寻透明牌的秘密。在这个过程中，小樱不断遇到各种奇异事件，比如学校里出现的巨大雪球、图书馆里书本自动飞舞等，而这些都与透明牌有关。李小狼也回到日本帮助小樱，两人的感情在共同战斗中进一步升温。随着对透明牌的深入了解，小樱逐渐掌握收服它们的方法，但新的危机也接踵而至，神秘的转学生柊泽艾利欧似乎知晓一切背后的真相，小樱能否成功收服所有透明牌，解开背后的谜团，成为故事的一大看点。