《末日孤舰第一季》围绕着海军驱逐舰内森·詹姆斯号展开。故事起始于一场全球性病毒大流行，几乎消灭了地球上绝大部分人口。内森·詹姆斯号因在海上执行任务而幸免于难，舰长汤姆·钱德勒带领船员成为这场灾难中的幸存者。他们得知船上的军医可以研制出对抗病毒的疫苗，但要成功拯救人类，还需克服重重困难。在寻找疫苗原材料和安全生产环境的过程中，他们遭遇了各种势力的威胁，既有因病毒肆虐而陷入混乱的武装团伙，也有企图独占疫苗的野心家。船员们凭借着坚定的信念和专业的技能，一次次化解危机，为人类的未来而战。