《某科学的一方通行》围绕学园都市排名第一的超能力者一方通行展开。一方通行拥有强大的“矢量操作”能力，能随意控制能量方向，曾作为学园都市“暗部”的一员，双手沾满鲜血。在一次与“最后之作”相遇后，他的人生开始转变。“最后之作”是“绝对能力者进化计划”中的克隆体，一方通行在保护她的过程中，逐渐从一个冷酷的杀人机器，转变为有温情、有担当的人。在此期间，他不仅要面对来自学园都市内部其他“暗部”组织的威胁，还要应对外部势力的挑战。在不断战斗和成长中，一方通行逐渐找到了自己存在的意义，也收获了珍贵的友情。