《奈克瑟斯奥特曼》构建了一个神秘且充满危机的世界。高中生姬矢准原本过着平凡生活，却因特殊能力被夜袭队队长西条风看中。原来，地球上出现了异生兽，它们不断给人类带来灾难。姬矢准获得了变身为奈克瑟斯奥特曼的能力，开始与异生兽战斗。战斗中，他不仅要面对强大的敌人，还要承受变身带来的身体负担。后来，少年千树怜接替姬矢准成为新的适能者。千树怜性格开朗，但内心也有着不为人知的伤痛。他同样肩负起守护人类的使命，在与异生兽的一次次交锋中成长。随着剧情推进，奈克瑟斯奥特曼的神秘身世逐渐揭开，背后隐藏着关于宇宙的巨大秘密，而人类与异生兽的战争也进入了白热化阶段。