《书店的骸骨店员本田君》围绕着在书店工作的本田君展开。本田君外表是一副骸骨模样，他在书店里认真工作，却总是被周围人以异样的眼光看待。书店里还有其他性格各异的同事，他们与本田君之间发生了一系列有趣又温暖的故事。有一次，书店迎来了一位挑剔的顾客，对书籍百般刁难，本田君凭借自己丰富的知识和独特的沟通方式，成功让顾客满意而归。尽管本田君的外貌特殊，但他善良、真诚，努力在平凡的工作中发光发热，在与同事和顾客的相处中，逐渐收获了理解与友谊，也让大家看到了他内心的美好。